Benedito Novo é abrangido, em sua totalidade, pela Sub-Bacia do Rio Benedito, integrante da Bacia Hidrográfica do Rio Itajaí-Açu, que é parte da Vertente do Atlântico. O Rio Benedito, principal rio do município, nasce no município vizinho de Doutor Pedrinho e desemboca no município de Indaial.
Os imigrantes e desbravadores no final do século XIX e começo do século XX exploraram a terra e iniciaram a colonização através dos rios. A partir do Itajaí-Açu, atingiram o rio Benedito e o desbravaram serra acima. A exploração do rio Benedito permitiu o povoamento de uma parte do Vale do Itajaí. Todas as buscas partiam de sua foz, na localidade de Carijós, atual município de Indaial.
Há uma hipótese de que o nome do rio teria vindo de “benedicto” nome latino significando “abençoado”, “bendito”, em referência a sua grande quantidade de peixes. Existe, porém, outra versão, que refere-se à existência de um “Benedito” que teria ajudado os desbravadores no final do século XIX. (ver Origem do nome do município)
O Rio Benedito corta os municípios de Doutor Pedrinho, Benedito Novo, Timbó e Indaial. Dentro do município de Benedito Novo, o rio recebe os seguintes afluentes, sejam rios ou ribeirões mais importantes:
Na margem direita: São João, Liberdade, Carvão, Prochnow e Russo. O Ribeirão Liberdade já recebe as águas dos ribeirões Preto, Branco e Zinco.
Na margem esquerda: Santa Maria, Antas, Tigre, Ferro e Santa Rosa. O Santa Maria possui alguns afluentes importantes: Pinheiros, Penca, Pedra Branca, Braço e Cabras.
O Rio Benedito é propício para a prática de turismo de aventura como a canoagem e o rafting, dentre outros. Campeonatos de canoagem são realizados no município. A pesca também é apreciada, especialmente de peixes de pequeno porte, como o lambari. Há alguns pontos para a prática do esporte, como a Praça do Pescador, no centro.
O turismo ecológico também pode se beneficiar do rio, principalmente por causa de suas quedas d’água, localizadas tanto nos afluentes quanto no próprio rio Benedito, especialmente em seu curso superior (da nascente até a sede de Benedito Novo). Os principais saltos no município são: Santa Maria, Antiga Usina, São João e Zinco.
O rio tem grande parte de sua mata ciliar preservada. Sofre, no entanto, com a poluição proveniente de resíduos domésticos e agrícolas.