Versão documentada
Segundo registros, do Professor Julius Scheidemantel e do Pastor Nelson Weingäertner, constam referências sobre “O Rio Benedito ou Benedicto” – Benedicto em latim significa “o abençoado”. Assim, devido a sua riqueza em peixes, esse seria o responsável pelo nome da cidade Benedito Novo.
No início da colonização, segundo documentos depositados na pedra fundamental da Igreja Evangélica Luterana de Benedito Indaial, as novas terras demarcadas receberam o nome “Benedito Linha Nova”. Mas já em fins de 1890 esta denominação foi alterada pela primeira e última vez em Benedito Novo. Existe ainda uma outra formulação do nome, em lugar de “Beneditto Novo” também era corrente “Benedicto Novo”.
Versão popular
Segundo a versão popular o nome do município de Benedito Novo originou-se da homenagem dos fundadores a um escravo foragido, de nome Benedito, uma pessoa muito generosa e prestativa. Benedito era filho do velho Benedito.
O casal Benedito, residente na localidade de Carijós (Indaial), tinha vários filhos, e um deles veio residir em Benedito Novo. Esta denominação surgiu pelo modo de designar a região onde residia Benedito. O pai Benedito tinha uma canoa com a qual servia a comunidade e navegava pelo Rio Benedito – dado esse nome justamente por ele conhecer muito bem o Rio.
Benedito, o novo, “filho” do velho Benedito, pode ter sido muito útil aos, considerados, pioneiros da fundação do Município: Joseph Peyerl, Johan Maus e Anton Werling. Exímio canoeiro, auxiliou os imigrantes, que, em agradecimento à ele, nomearam o local com seu nome.
Diz-se também que o velho Benedito subiu o Rio Benedito e ao chegar denominou a localidade, com o nome de Benedito Novo em homenagem a nova conquista realizada.